Συγγνώμη για τα tapply(), τελείωνε ο χρόνος και αναγκαστικά έπρεπε να τα βάλω σε # για να γίνει publish. Αν τα βγάλετε τρέχουν κανονικά οπότε δεν ξέρω γιατί έγινε κάτι τέτοιο.

first publish from rmarkdown